Le budget de l’IIBSN est financé statutairement par les participations des Départements qui contribuent aux dépenses générales de fonctionnement mais également aux programmes d’investissement.
L’Etat, dans le cadre du transfert public fluvial alloue annuellement une dotation en fonctionnement (dotation générale de décentralisation) et finance également des travaux de restauration des écluses, barrages, ponts et passerelles.
L’agence de l’Eau Loire-Bretagne est également un important contributeur pour l’animation permanente des SAGE mais également pour des actions plus ponctuelles.
Par ailleurs, selon les différentes politiques et documents-cadres portés par l’Europe, les Régions, etc.., des financements plus spécifiques peuvent être sollicités.
Enfin, des recettes propres sont perçues sous la forme de redevances d’occupation du domaine public fluvial ou de droits pour les licences de pêche.