Les matières organiques sont présentes de manière naturelle dans les cours d'eau et proviennent de la mort des organismes vivants animaux et végétaux des cours d'eau et de ses abords. Elles sont aussi issues des rejets liés aux activités humaines.
Cette altération est révélatrice de la présence, ou de l'absence, de matières organiques. Au-delà d’un certain seuil (pollution), la dégradation de celles-ci est susceptible de consommer l'oxygène de la rivière en asphyxiant les organismes vivants présent dans ces milieux.