Au regard des services rendus et d’une meilleure connaissance de ces espaces, il est maintenant entendu de protéger les zones humides. Un cadre réglementaire s’est établi allant dans ce sens.
La directive-cadre sur l'eau ou DCE est une directive européenne adoptée en 2000 qui établit un cadre pour une politique globale communautaire dans le domaine de l'eau. Elle définit les objectifs pour atteindre le bon état des masses d’eau et la préservation des zones humides y contribuent !
Au niveau national, la France adopte en 1992 la loi sur l’eau. En outre, les zones humides y sont décrites comme importantes pour la gestion équilibrée de la ressource en eau. Elle donne un cadre réglementaire sur les atteintes qu’elles peuvent subir.
Les Schémas Directeur d’Aménagement et de Gestion de l’Eau (SDAGE), adoptés par des comités de bassins fixent pour six ans les orientations qui permettent d'atteindre les objectifs attendus en matière de "bon état des eaux". Concernant le SDAGE Loire Bretagne 2016-2021, un chapitre entier est consacré à la préservation des zones humides (Chapitre 8).
A l’échelle des bassins versants, un Schéma d’Aménagement et de Gestion de l’Eau (SAGE) est adopté par les Commissions Locales de l’Eau (CLE). Chacun des deux SAGE, portés par l’IIBSN a identifié comme enjeu la connaissance et la protection des zones humides.